Organi della CISL UST sono il Congresso, il Consiglio Generale, il Comitato Esecutivo, la Segreteria ed il Collegio dei Sindaci.

Il Congresso è l’organo massimo deliberante dell’Unione. Esso fissa le direttive generali dell’attività dell’Unione ed è composto dai delegati eletti dai Congressi delle rispettive Federazioni territoriali di categoria.

Il Consiglio Generale è l’organo deliberante dell’Unione tra un Congresso e l’altro. Ha il compito di definire gli indirizzi di massima dell’attività sindacale ed organizzativa dell’Unione, sulla base delle deliberazioni del Congresso e delle direttive confederali. Elegge nel suo seno: prima la Segreteria dell’Unione Sindacale Territoriale poi il Comitato Esecutivo.

Il Comitato Esecutivo è l’organo competente per l’attuazione degli indirizzi definiti dal Consiglio Generale.

La Segreteria rappresenta l’Unione nei confronti dei terzi e delle pubbliche autorità; prende tutte le misure atte ad assicurare il normale funzionamento dell’unione attuando le decisioni dei suoi organi deliberanti e le direttive confederali.

Il Collegio dei Sindaci provvede al controllo amministrativo. E’ composto da cinque componenti di cui tre effettivi e due supplenti eletti dal Congresso.